“夏亞的反叛”的第二次新吉翁戰(zhàn)爭(zhēng)12年后，宇宙世紀(jì)105年（U.C.0105），一個(gè)名為“馬夫蒂”的反地球聯(lián)邦組織開(kāi)始以暗殺政府高官的方式對(duì)抗強(qiáng)權(quán)統(tǒng)治的地球聯(lián)邦政府。該組織領(lǐng)導(dǎo)人馬夫蒂·納比尤·艾林的真實(shí)身份，是曾與阿姆羅·雷并肩作戰(zhàn)的一年英雄布萊特·諾亞之子——哈薩維·諾亞。雖被展現(xiàn)奇異力量的少女琪琪·安達(dá)露西亞言語(yǔ)捉弄，但哈薩維仍為實(shí)現(xiàn)馬夫蒂的目標(biāo)而步步推進(jìn)。與此同時(shí)，追捕馬夫蒂的聯(lián)邦軍大佐凱奈斯·斯雷格收到了刑事警察機(jī)構(gòu)漢德利·約克桑的密約提議。在哈薩維與肯尼斯各自為實(shí)現(xiàn)目標(biāo)而行動(dòng)時(shí)，琪琪亦為履行自己的使命，踏上了前往香港的旅程。